实际上，傅青主自己的身体就非常的不好，小的时候曾经几次得了重病，差点死去，把他的父母吓坏了。
在傅青主三十五岁的时候，也就是他从北京打官司回来四年后，他的家庭再次遭遇打击，他哥哥傅庚的儿子傅襄病了，具体患的是什么病文献中没有记载，只知道没有多久就死去了，年龄只有二十岁，就在傅襄去世的当天，他年仅十九岁的妻子喝下毒药殉情自尽。
一对儿文静可爱的年轻夫妻就这样地相伴着离开了人世，这是何等的令人痛心啊，傅青主的心中感到了锥心刺骨般的疼痛，他自己描述到：“庚辰夏，舍侄物故，余长日拥被坐，昏昏然不出门，亦不见客，中楚不时作”。
由于有关傅青主的文献存世的比较少，而且研究得不够，所以我们对傅青主并不真正的了解，很多人只知道他是个水平非常高的医生，甚至很多人认为他是“神医”，但是，人们却不知道他的医术是怎么来的，更不知道他和他的家庭曾经被病魔迫到了何种地步！
现在，让我们来看看作为一个凡人的傅青主真正的情况吧，看看他是如何一步一步走上钻研医学的道路的。
傅青主的侄子去世的第二年春天（1641），很不幸，傅青主自己也感染上了瘟疫，这次的病严重得用他自己的话来说是“几死”，就是几乎死掉。具体患病的情况傅青主自己没有记载，可见，这个时候他对医药并不了解，也没有解救的对策，多亏他的哥哥傅庚照顾他，为他精心调护，傅青主才活了下来，但是这次患病的时间却很长，直到秋天的时候还没有完全恢复。
可是，傅青主自己的病刚刚好，他的哥哥却不幸地染上了病，在第二年夏天，就去世了。
到底哥哥患病的情况如何，文献中也没有记载，我们已经无法了解当时的具体情况了，只知道这次失去兄长对傅青主的打击无比巨大。
傅青主自己记载说在那些日子里，他和老母亲两个人整天抱头痛哭（此时他父亲已经去世），母亲一会儿安慰他，他一会儿安慰母亲，但那都是无济于事的，随即两个人又痛哭。（日夜共老母哭泣，老母慰山，山慰老母，随复涕出，不能仰视）
在那些日子里，傅青主甚至到了不能出门的地步，“直怕见人家有兄弟偕行者”，看到了人家兄弟，就想起了自己的哥哥，就会抑制不住自己，失声痛哭！
看到了吧，这就是傅青主年轻时期的真实状态，病魔一个一个地夺去了他的家人的生命，傅青主虽然此时已经学富五车，却无能为力，并因此被折磨得痛苦不堪。
怎么办啊傅青主？努力学习医学吧！千万不要让这样的事情再次发生了，快快找到你自己的位置吧，因为你日后将是我们的大医傅青主！
相信这是此时所有看官的心声。
我现在要告诉您，不要着急，因为老天爷对他的打击还没有真正的到来，在他的人生历程中，他还要经历更大风雨，遭受更大的打击！
【明朝灭亡了】
就在傅青主的家庭连遭不幸的同时，大明王朝也即将走到了他的尽头，傅青主在这一年和几个同学去拜访了一位一百多岁的老和尚，这位老和尚曾经在辽东逗留过，傅青主他们非常想知道明军与清兵的交战情况，就问这位和尚：“熊廷弼大人在辽东怎么样啊？”
只见这位老和尚仰天长叹：“好个熊经略，好个熊经略！”然后伏地叩拜，半天不起，当他再次起身时，只见他已经是泪流满面了。
傅青主等人都被这位老和尚的举动所震撼了，忙问缘故，原来，熊廷弼被朝廷j人陷害，已经被崇祯皇帝处以死刑了。
那天，大家的心中都感到了无比的沉重，每个人都似乎预感到了大明王朝的衰败。
同年，傅青主参加了乡试，没有中，那位老和尚前来道喜，傅青主感到很郁闷，心想这位拿我开心呢吧？就说：“老和尚你搞错了，我没中！”
老和尚很认真地说：“对，就是因为你没中，所以我才道贺！”
傅青主听了，恍然大悟，从此放弃了科举的念头。
在这些年里，傅山写出了《两汉书人姓名韵》这样一本专业书籍，此书考据严谨，工程浩大，是不下一定的功夫难以完成的著作，随后，他又写了《性史》一书，注意，这本《性史》不是写男女关系的，而是写心性的问题，探讨“孝友之理”，“取二十一史应在孝友传而不入者，与在孝友传而不足为经者，兼及近代所闻见者”，是一本纯粹的学术研究著作。
这个时候，唯一让人感觉有些兴奋的事情就是，三立书院发来了邀请，请傅青主去做老师，给学生们讲课。
这似乎是好事，要知道现在毕业能够留校任教也是好差事，可是，傅青主却怎么也乐不出来，因为，李自成已经马上要打过来了（或者说是已经打过去了）。
学校让傅青主等老师讲课的内容居然是军事教育等，有什么火攻、守城之类的。
也不知道文人傅青主老师的讲课效果如何，总之文献中只留下了他评价当时教育政策的一句话：“迂哉，蔡公（当时的巡抚，兼管三立书院的工作）之言，非可以起而行者也。”
其实这句话说的很空，也没有提出自己的见解，反正评价别人迂也好，