阮大铖恼怒之际，便悄悄去请魏忠贤帮忙。他本来与东厂理刑官付继善、刑事科给事中付魁是朋友，通过他们认识了魏忠贤外甥付应星。
魏忠贤当时本来就想招纳人才，便把这个吏部给事中给了阮大铖。阮大铖是当了官，可从此与东林党结下了怨仇，当时东林党人都大骂阮大铖“卑鄙无耻”。
阮大铖在魏忠贤当权时，任太常少卿，天启四年，阮大铖与魏忠贤在涿州“燃秸相拜，作竟夜谈”，他把东林党内部的机密全吐露了。阉党不久便逮捕了东林党重要人物汪文言，并清洗内阁，引起东林党强烈反击。
当时双方形势如同水火，阮大铖赶紧弃官逃回老家。
到了崇祯登基二年，魏忠贤阉党被清算，阮大铖便准备了两本奏章，一本专劾魏忠贤、崔呈秀，另一本则弹劾东林党与阉党都不是好人。他把两本奏章都交给好友杨维垣，由于杨与东林党有隙，上了第二本奏章。
崇祯皇帝本憎恶阉党弄权，便将阮大铖罢官。
阮大铖随即避居安庆，直到明末去南京。
因为到了崇祯末年，大顺军已经把陕西、河南一带闹成了一锅粥，南方尚称太平，南京城里一下子涌入数万人家，大多是逃难的官员和富商，这些有产阶级，一下子把南京城的戏剧等娱乐业带火了起来，他在南京可以凭借戏剧才华大有作为。
阮大铖不是一般的有钱，他在库司坊买了豪宅，又在城郊祖堂山修建了别墅，一方面招纳游侠，谈兵说剑，另一方面结文社，养了一套完整的戏班子，与冯铨、马士英打得火热，还请张岱、文震孟、范景文等名士到场看戏，这戏园只演他创作的戏剧《燕子笺》《春灯谜》等，他一时在江南名气大盛。
阮大铖通过戏曲来拉拢结交各方人士。他还写了不少诗，收录在后来编的《和箫集》与《咏怀堂诗》中，一时风头压过了“复社四公子”。
不过，阮大铖深知自己当年事，得罪了东林党，几度想法弥补，他打听到苏州名妓李香君看中了复社青年侯方域。
侯方域想为李香君赎身，但手头缺少银子。
阮大钜子交给杨龙友，让他赠送侯方域。
阮大铖在南京“蛰居”期间，结交致仕回老家的首辅周延儒，并动用大量银子资助周延儒，阮大铖虽未达到做官的目的，但由他推荐的马士英，却成了凤阳总督，为后来拥立福王得势。
南明朝廷短暂成立，在内阁掌控大权的马士英便为阮大铖复出呼吁。
阮大铖出任南明的兵部侍郎，开了张黑名单，对东林、复社诸人立意报复，大肆抓捕东林党和复社人士！
吴应熊要在江南施行新政，东林党人觉得，扳倒阮大铖的机会来了，又开始兴风作浪，挑起内斗！