由许心素派遣的福建明军在四月中旬同时从漳州泉州两地出发，这么大规模的军队调动自然无法完全瞒过所有人，而关于这数千明军的去向，许心素对外的说法是在福建海峡与海汉军一同进行军事演习。至于福建的文武官员们信不信这个说法，他其实也不是太在乎，谁要是觉得跟海汉军混在一起有什么不妥，那大可给朝廷写奏折告状。
对许心素来说，其他的事情都可以先暂时放一放，必须要先处理十八芝余党在海外有所抬头的迹象。海汉提供的情报表明日本平户正在大规模地兴建战船和各种武器，十八芝余党明显是想借助平户这个地方东山再起，这是许心素绝对无法接受的事情。
许心素虽然如今过着养尊处优的生活，不用再四处奔波，但终究也架不住一年一年逐渐衰老，身体也慢慢扛不住远赴海外带兵作战的要求了，只能是将麾下部队的指挥权移交给子侄后辈，自己坐镇福建保障后方的稳定。
不过在这次许裕拙离开漳州之前，许心素就已经对他下了死命令，不惜一切代价也要歼灭十八芝余党，特别是与郑芝龙相关的人员，更是必须斩草除根，不能给对方再留下任何重新起势的机会。当年没有赶尽杀绝的后果，现在已经显现出来了，这次可不能再犯下同样的错误了。
所以许裕拙在与石迪文会面之后，便也提出了要将十八芝余党剿杀干净的要求，但石迪文认为实际操作中会有不小的困难，未必能够达成许心素所要求的目标。
许裕拙没有能够争取到盟友的全力支持，也不免有些郁闷，便向石迪文讨要了平户当地的详细地图，召集手下军官一起研究作战计划。
“关键之处，还是在于封锁海上通航，不要让目标渡过平户海峡逃到九州去。一旦过了海峡，我们这点兵力就很难再深入内陆追剿目标了。”
在研究过地图之后，许裕拙也不得不承认石迪文的意见比较客观，要靠有限的兵力彻底封锁平户岛出逃的路线的确是相当困难，而一旦目标逃到近在咫尺的九州地区，那再想抓到人就难了。
九州和平户虽然都是岛屿，但九州是日本第三大岛，面积近三万八千平方公里，相当于两百多个平户岛的面积。而九州的大部分地区都是山地密林，目标只要逃入这些地区藏身，对当地环境完全陌生的明军就很难再进行追踪了。
“将军，我们船只有限，要在海上完全封锁航道是很困难了，倒不如集中力量去清剿平户岛海岸上的大小港口，在最短时间内把岛上的船只控制住，或许要比封锁航道更有效一些。”
许裕拙手下也不乏头脑聪明的人，很快便想到了解决这个难题的的办法。这个做法其实也不算新鲜，海汉在北边控制辽东海岸线，便是使用了这样的手段让清国片帆不得出海。
福建水师的实力虽然不及海汉海军，但要对付平户藩这种级别的对手应该还是不在话下，虽然平户藩原本就有一定编制的水军，而且有证据表明当地正在成批建造战船，但许裕拙对己方的实力仍有充分的信心，毕竟福建水师近年多次随海汉参与海外征战，在战场上与形形色色的敌人交过手，实战经验肯定不是平户藩这种闭门造车的水军能比的。
只要能设法控制平户岛的港口，那也的确可以起到切断敌人出逃通道的作用，不过这个计划在实施中肯定也会存在一定的困难，比如说对当地情况并不熟悉的福建水师要在短时间内找到岛上每一处可以出海的港口，就并非一件易事。哪怕是海汉所提供的详细地图，上面也只标出了岛上的一些主要目标，还需要作进一步的实地侦察才能确认还有哪些不知名的小港口。
福建水师的大部队抵达朱家尖岛之后进行了整整七天的休整。之所以在朱家尖岛逗留这么长的时间，主要还是在等朝鲜这边的北路军到位。由于西归浦港的条件有限，仓促之间也很难变成合格的军事基地，为即将出征的北方舰队和特战团提供后勤服务，因此钱天敦不得不发动人手先对西归浦的港口设施做了一些临时改建，以满足作战需要。
这样一来，出兵的日期就只能往后推迟了。不过将领们也抓住这难得的缓冲时间，进一步完善行动计划，让手下的部队能针对接下来的作战进行准备。唯一比较麻烦的是南北两路人马无法进行及时交流，只能通过每天的电报联系来进行沟通，其效率也就可想而知了，好在时间比较充分，几天下来也对行动的大致方案达成了一致。
因为西归浦地方上的原因所耽搁的时间，多少是在海汉的预计之外，虽然作战计划并未因此作出大的改动，但却给对手也留出了更多的备战时间。在此期间北方舰队从西归浦派出了第二波侦察船队，但目标区域主要是五岛列岛海域，也没有再冒险派人登陆侦察，因此并未获知平户藩所发生的权力更替。
时间来到五月初，南北两路人马都已经准备停当，于是联军便按照约定的时间开始行动。而这次针对平户藩所展开的军事行动，在福建方面的建议之下被命名为“除根”，意指行动目标是要消灭藏身于平户藩的十八芝余党。
南路的东海舰队因为起点定海港距离目的地较远，所以先行出发，而藏身于朱家尖岛东岸的福建水师也在同一天出发，两支舰队在舟山岛东北方向的海上会合之后，以混编队形缓缓驶往日本方向。
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